Фильм «Проект «Конец света»» переносит зрителя в ближайшее будущее, где человечество столкнулось с угрозой, способной стереть с лица планеты всю жизнь. Главный герой, учёный-астронавт Райленд Грейс, приходит в сознание на борту автоматического исследовательского корабля «Hail Mary», полностью лишённый воспоминаний о себе и поставленной задаче.
Молодой священник Джад Дюплентис, переведённый в маленький городок штата Нью-Йорк, сразу входит в конфликт с монсеньором Уиксом. Тот, несмотря на противоречивую манеру общения и проповедей, окружает себя преданными прихожанами и обеспечивает церковь щедрыми пожертвованиями. Открытое противостояние между священниками достигает пика, и на следующий день, в Страстную пятницу, Уикса таинственным...