События предыдущей части франшизы кардинально изменили положение дел в мире, где мутанты и обычные люди до сих пор не могут найти общий язык. В этот напряженный период на поверхность из глубин истории выходит древнее существо, известное как Апокалипсис — первый и самый сильный мутант, который провел тысячелетия в заточении, собирая силы для мирового господства.
Действие фильма разворачивается после раскопок в Долине Царей, где археолог Мэтью Корбет обнаруживает нетронутый саркофаг египетской царицы Кара — правительницы, при жизни известной своей жестокостью и служением темным силам. В момент, когда команда вскрывает гробницу, у археолога рождается дочь Маргарет, и сверхъестественная сущность, запертая в саркофаге тысячи лет, вселяется в новорожденную.