Действие разворачивается в мрачном, но технологически продвинутом городе Ирма, подвешенном среди обломков старого мира. Доктор Дайндзи Идо, талантливый, но скромный учёный-механик, занимающийся ремонтом киборгов, случайно находит в свалке уникальные останки женского киборга. После кропотливой работы он возвращает её к жизни, но у новорождённой Алиты нет ничего, кроме инстинктов и фрагментов...
Майор американских ВВС Фрэнк Кросс, заслуживший репутацию почти национального героя после ряда успешных боевых вылетов, получает повышение: теперь он военный помощник президента, и в его руках сосредоточен весь американский ядерный арсенал в виде специального защищенного кейса с кодами запуска межконтинентальных ракет.