Заключительный фильм по мотивам одного из самых популярных американских сериалов всех времен подводит черту под историей Майкла Скофилда и его близких. После событий финального сезона главной героини Сару Танкреди арестовывают по обвинению в убийстве матери Майкла и отправляют в женскую колонию строгого режима — под сердцем у нее уже носит ребенка от Майкла, и у нее почти нет шансов на оправдание.
После нескольких лет пребывания в тихом буддийском монастыре бывший бесстрашный правитель крупной наркоимперии, скрывший свое лицо под маской и взявший прозвище Тень, возвращается в огромный, кишащий преступностью Нью-Йорк 1930-х годов, чтобы бороться с бандитскими группировками, коррумпированными чиновниками и всеми, кто угрожает обычным жителям.