Город Аркадия кажется тихим американским городком, но он построен на пересечении волшебных линий, делая его эпицентром тайных сил. Здесь мирно сосуществуют тролли, живущие под землёй, инопланетяне, скрывающиеся среди людей, и маги, хранящие древние знания. Однако хрупкое перемирие рушится, когда Тайный орден — организация, жаждущая абсолютной власти — начинает агрессивно расширять своё...
Вторая часть кинофраншизы про элитный отряд спецназа, противостоящий террористической организации Кобра, продолжает историю противостояния героев и их заклятых врагов. После того как отряд G.I. Joe ликвидировал одного из ключевых лидеров Кобры, его бойцы возвращаются на родину, чтобы отчитаться о выполненной миссии, но сталкиваются с беспрецедентным предательством.