События ленты разворачиваются сразу после финала первого фильма «Муха» 1986 года. Пятилетний Мартин, сын погибшего ученого Сета Брандела, с которым произошла та же генетическая катастрофа, живет под опекой крупной корпорации, финансировавшей работы его отца. Несмотря на детский возраст, мальчик имеет внешность и интеллект взрослого человека, он гений в области генетики, но не догадывается, что...
