После событий предыдущих частей франшизы Конг находится под опекой организации Monarch, его держат на изолированном острове, но группа ученых решает отправить его в опасную экспедицию к предполагаемому месту обитания его сородичей в недрах Земли, в неизведанную территорию, где, по их предположениям, скрыты ответы на вопросы о происхождении гигантских существ.
Действие разворачивается на острове Нублар, где после событий предыдущего фильма динозавры живут в дикой природе. Спокойствие нарушает пробуждение вулкана, который угрожает уничтожить всех обитателей острова. Клэр Диринг, бывшая управляющая парком, теперь посвятила себя защите исчезающих видов и присоединяется к экспедиции, цель которой — эвакуировать нескольких динозавров на безопасный остров.