Действие разворачивается в 1994 году, перенося зрителей в эпоху, предшествовавшую известным событиям основной саги. История начинается с того, как Ной Диас, бывший военный эксперт по электронике, и Елена Уоллес, талантливый стажёр музея, случайно находят артефакт, который запускает цепь глобальных событий.
Продолжение приключений четверых друзей — льва Алекса, зебры Марти, жирафа Мелмана и бегемотихи Глории — переносит их с тихого, но скучного Мадагаскара в сердце Африки. После дерзкого побега на самолёте, который круто разбивается, герои оказываются в национальном парке, где их ждут не только шикарные пейзажи, но и серьёзные испытания.