После событий предыдущих частей франшизы Конг находится под опекой организации Monarch, его держат на изолированном острове, но группа ученых решает отправить его в опасную экспедицию к предполагаемому месту обитания его сородичей в недрах Земли, в неизведанную территорию, где, по их предположениям, скрыты ответы на вопросы о происхождении гигантских существ.
События фильма разворачиваются спустя семь лет после того, как человечество попыталось предотвратить падение астероида на Землю, взорвав его на подлете к планете. Последствия взрыва оказались куда страшнее ожидаемого: под воздействием странного излучения многие животные и насекомые мутировали в гигантских агрессивных монстров, а численность человечества сократилась на 95%.