События мультфильма разворачиваются спустя семь лет после подземных приключений. Тектонические сдвиги разлучают главных героев с их стадом, вынуждая мамонта Манни, ленивца Сида и тигра Диего искать путь домой на импровизированном плоту из айсберга. Их плавание через океан приводит в неизведанные тропические земли, полные странных существ и враждебных пиратов-обезьян во главе с капралом Гаттобо.
