Фильм «Проект «Конец света»» переносит зрителя в ближайшее будущее, где человечество столкнулось с угрозой, способной стереть с лица планеты всю жизнь. Главный герой, учёный-астронавт Райленд Грейс, приходит в сознание на борту автоматического исследовательского корабля «Hail Mary», полностью лишённый воспоминаний о себе и поставленной задаче.
Джон Келли — офицер специального назначения ВМС США, боец с многолетним опытом, который привык полагаться на себя и своих товарищей. После неудачной спецоперации на его семью нападают неизвестные, его жена погибает, а он чудом остается жив, получив тяжелые ранения. Коллеги по отряду тоже становятся жертвами нападения, и официальное расследование заходит в тупик, не оставляя герою надежды на...