Действие разворачивается в Китае XIX века, спустя годы после событий первой части. Молодая воительница Сю Хуай Лань, дочь знаменитого героя, вынуждена скрываться после убийства своего отца. Её путь пересекается с могущественным и безжалостным генералом Хоу, жаждущим заполучить мифический меч «Древняя душа», способный дать своему владельцу абсолютную власть.
Фильм переносит зрителя в антиутопическое будущее, где мутанты практически истреблены безжалостными роботами-охотниками. Единственный шанс на спасение — предотвратить создание Стражей, изменив ключевые моменты истории. С помощью способностей Китти Прайд сознание Росомахи перемещается в его молодое тело в 1973 год, эпоху, когда отношения между людьми и мутанты достигли точки кипения.