Знакомый мир Супер Марио получает грандиозное космическое продолжение. После триумфальной победы над Боузером и спасения Бруклина, Марио не успевает насладиться покоем — в галактике формируется новая, ещё более опасная угроза. Злобный альянс, объединивший хитрого Варио и амбициозного Боузера-младшего, ставит перед собой цель полного мирового господства, и теперь их планы затрагивают самые...
После событий первой части команда «Плохие парни» — Мистер Волк, Мистер Змея, Мистер акула, Мистер Пирана и Доктор Кот — формально оставили криминал. Они пытаются вписаться в общество, сдать экзамены на водительские права, открыть легальный бизнес и даже вести здоровый образ жизни. Их новые начинания полны комичных неудач и бытовых неловкостей, но дружба и желание измениться держатся.