После глобальной катастрофы, которая уничтожила почти всю человеческую цивилизацию, мир превратился в гигантскую кладбище руин: разрушенные города, заросшие сорняками дороги, пустые дома, в которых когда-то жили миллионы людей. В таких условиях выживание становится единственной смысловой нагрузкой для тех, кому удалось остаться в живых.
Конец XX века. Сэр Интегра Хеллсинг, унаследовавшая руководство секретной организации, уже много лет контролирует Алукарда — древнего и могущественного вампира, заключённого в службу «Хеллсинг». Их миссия — тихая война против потусторонних угроз, скрытых от глаз обычных людей. Однако спокойствие нарушается: случаи самопроизвольного обращения в вампиров и нападений созданных ими зомби резко...
Действие аниме-сериала разворачивается в альтернативной версии конца XIX века, спустя 13 лет после государственного переворота в королевстве Тортес. В ходе переворота было уничтожено древнее оружие Вавилонская Башня, управляемое артефактом Голубая Вода и способное истребить всё живое на планете — вместе с оружием исчезло и само королевство.