Продолжение популярной серии фильмов о детях секретных агентов возвращается с новым заданием, сложность которого превосходит все предыдущие приключения героев. Разработчик востребованных компьютерных игр решает использовать свои технические знания не для развлечения пользователей, а для глобального шантажа: он выпускает в открытый доступ мощный вирус, способный парализовать работу всей мировой...
Действие разворачивается в мрачном, но технологически продвинутом городе Ирма, подвешенном среди обломков старого мира. Доктор Дайндзи Идо, талантливый, но скромный учёный-механик, занимающийся ремонтом киборгов, случайно находит в свалке уникальные останки женского киборга. После кропотливой работы он возвращает её к жизни, но у новорождённой Алиты нет ничего, кроме инстинктов и фрагментов...