После событий первой части Джейсон Борн оставил оперативную работу, поселился с девушкой Мари в Индии и пытался построить обычную жизнь, забыв о прошлом агента ЦРУ. Он надеялся, что опасность осталась позади, но прошлое не отпускает его так просто. Высшие чины агентства, пытаясь замести следы собственных грязных операций, решают избавиться от бывшего агента, который слишком много знает.
В 1928 году археологи, работающие на территории египетского плато Гиза, находят необычный каменный артефакт, покрытый сложной системой иероглифов, которые долгие десятилетия не могут расшифровать учёные со всего мира. В конце XX века к исследованиям подключается молодой лингвист Дэниел Джексон, специализирующийся на древних языках Ближнего Востока: ему удаётся разгадать код устройства и...