После долгого периода взаимных выходок обитатели Птичьего острова и свиноподобных жителей Свиного острова наконец-то свыклись с идеей вялой перестрелки, не переходящей в масштабный конфликт. Идиллия рушится в одно мгновение, когда на горизонте появляется новый противник — Зета, предводительница обитателей ледяного третьего острова, которая устала от вечной мерзлоты и решила захватить...
Когда завязываешь отношения с женатым мужчиной, ты заранее знаешь, что не всё будет гладко, но мало кто готов к тому, что у твоего возлюбленного есть не только официальная супруга, но и еще несколько параллельных романов. Главная героиня картины оказывается именно в такой ситуации, и вместо того чтобы уйти от обманщика, она решает устроить ему жестокую отместку.
События мультфильма разворачиваются спустя семь лет после подземных приключений. Тектонические сдвиги разлучают главных героев с их стадом, вынуждая мамонта Манни, ленивца Сида и тигра Диего искать путь домой на импровизированном плоту из айсберга. Их плавание через океан приводит в неизведанные тропические земли, полные странных существ и враждебных пиратов-обезьян во главе с капралом Гаттобо.