Действие ленты разворачивается в современном Манхэттене, где за обыденной жизнью миллионов скрывается мир магии, известный только избранным. Один из самых могущественных магов своего времени Бальтазар Блэйк много лет скрывается от людей, охраняя город от магических угроз и следя, чтобы темные силы не прорвались в мир живых.
После событий второй части жизни главных героев мультфильма сильно изменились: мамонт Манфред и мамонтиха Элли готовятся к появлению на свет первого детёныша, саблезубый тигр Диего задумывается, не стал ли он слишком уютно устроенным в компании своих не очень брутальных друзей, а ленивец Сид, мечтающий о собственной семье и племени, решается на отчаянный шаг — он украл несколько яиц динозавра...