Действие разворачивается на острове Нублар, где после событий предыдущего фильма динозавры живут в дикой природе. Спокойствие нарушает пробуждение вулкана, который угрожает уничтожить всех обитателей острова. Клэр Диринг, бывшая управляющая парком, теперь посвятила себя защите исчезающих видов и присоединяется к экспедиции, цель которой — эвакуировать нескольких динозавров на безопасный остров.
Действие разворачивается спустя десять лет после трагических событий в оригинальном парке Юрского периода. Компания «Масрани Глобал» под руководством Саймона Масрани создаёт «Мир Юрского периода» — полнофункциональный тематический парк с генетически воссозданными динозаврами, привлекающий тысячи туристов ежедневно.
После событий первой части Джейсон Борн оставил оперативную работу, поселился с девушкой Мари в Индии и пытался построить обычную жизнь, забыв о прошлом агента ЦРУ. Он надеялся, что опасность осталась позади, но прошлое не отпускает его так просто. Высшие чины агентства, пытаясь замести следы собственных грязных операций, решают избавиться от бывшего агента, который слишком много знает.