В мире, где супергерои считаются обыденностью, внезапное нападение инопланетян переворачивает всё с ног на голову. За считанные минуты самые могущественные защитники планеты оказываются в плену у загадочных захватчиков, оставив человечество беззащитным перед надвигающейся угрозой. Но у каждого героя есть своя семья, и теперь ответственность за спасение мира ложится на плечи их детей.
Действие разворачивается в мрачном, но технологически продвинутом городе Ирма, подвешенном среди обломков старого мира. Доктор Дайндзи Идо, талантливый, но скромный учёный-механик, занимающийся ремонтом киборгов, случайно находит в свалке уникальные останки женского киборга. После кропотливой работы он возвращает её к жизни, но у новорождённой Алиты нет ничего, кроме инстинктов и фрагментов...
В тихом пригороде, где все дома выглядят как клоны друг друга, а жизнь подчинена строгому распорядку, 11-летний Тоби Тоусон живет обычной жизнью мальчика из обычной семьи. Его родители работают в корпорации Black Box, которая производит самый популярный в мире коммуникатор, а сам Тоби мечтает о друзьях и хоть каких-то необычных событиях, которые бы разорвали монотонность его будней.