События разворачиваются в постапокалиптической версии Японии, где крупный портовый город Сугомори постепенно пустеет из-за необъяснимого процесса сокращения населения. Обычный замкнутый старшеклассник Кацухидэ Агацума, привыкший держаться в стороне от сверстников, неожиданно получает приглашение присоединиться к закрытому эксперименту под названием «Кизнайвер».
