Действие разворачивается в мрачном будущем колонизированного Марса, где после победы Алека Мэйсона над земными угнетателями не наступил мир. Его сын Джейк, верный идеалам отца и служащий в элитных войсках Red Faction, сталкивается с личной трагедией, переросшей в экзистенциальный кризис. Тайная информация о том, что его сестра Лира, похищенная в детстве, всё ещё жива, заставляет его бросить...
После ухода с оперативной работы Малкольм Тёрнер планировал посвятить себя семье, но трагическая новость перечеркивает все планы — его бывший напарник погиб при загадочных обстоятельствах. Расследование наводит на могущественного бизнесмена Тома Фуллера, подозреваемого в разработке вируса для террористов.