Действие фильма разворачивается в итальянском городе Пеша в начале XVII века, в стенах строгого католического монастыря, где любое отступление от правил карается жестокими наказаниями, а рядом с обителью действует инквизиция, следящая за чистотой веры. Юная Бенедетта попала в монастырь еще в детстве, по воле семьи, и всю жизнь знает только суровые правила, молитвы и работу в саду и келиях.
Пьер Хоффман, молодой и преданный своему делу учитель, принимает класс после трагического ухода предыдущего педагога, покончившего с собой. С первых дней он сталкивается с необъяснимым явлением: шестеро учеников, обладающих выдающимися способностями, ведут себя как замкнутая, почти тоталитарная группа.