Орион — обычный мальчик, чья жизнь наполнена тревогой. Он панически боится практически всего: от высоты и животных до собственной тени, но главный и самый могущественный враг для него — это темнота. Каждую ночь он зажигает десятки ламп, пытаясь прогнать непроглядную тьму за окном, которая кажется ему живым и зловещим существом. Его мир — это островки света в океане страха.
После долгого периода взаимных выходок обитатели Птичьего острова и свиноподобных жителей Свиного острова наконец-то свыклись с идеей вялой перестрелки, не переходящей в масштабный конфликт. Идиллия рушится в одно мгновение, когда на горизонте появляется новый противник — Зета, предводительница обитателей ледяного третьего острова, которая устала от вечной мерзлоты и решила захватить...
Знакомые по франшизе «Мадагаскар» остроумные пингвины — Шкипер, Ковальски, Рико и Прапор — теперь не просто выживают в зоопарке, а действуют как высокотехнологичная команда секретных агентов. Их новое приключение начинается, когда они случайно становятся свидетелями коварного плана злобного учёного-осьминога доктора Октавиуса Брайана, мечтающего превратить мир в свою underwater-империю.