Действие разворачивается в Японии на фоне последствий Тихоокеанской войны. Тринадцатилетний Махито переживает двойную трагедию: мать погибает в пожаре, а через год отец, женившись на сестре покойной, отправляет сына в уединённое фамильное поместье в глубинке. Там мальчик оказывается в странном мире: отец-инженер редко бывает дома, его новая жена находится в ожидании ребёнка, а старый дом кипит...
В основе сюжета лежит обычная, на первый взгляд, жизнь матери и дочери, которые обитают на небольшой лодке, пришвартованной в небольшом рыбацком порту на севере Японии. Никуко, главная героиня, работает на рыбацкой компании, а её дочь Кохэку ходит в местную школу, и их будни кажутся умиротворёнными и предсказуемыми, пока в их привычный распорядок не начинают вкрадываться странные и неожиданные...
Девочка Мэри не радуется летним каникулам: родители отправили её жить к бабушке в тихую деревню, где кроме пожилых соседей почти никого нет, и каждый день проходит в однообразных хлопотах по хозяйству. Однажды, преследуя странного чёрного кота, Мэри забредает в старый лес и находит необычный синий цветок, который местные называют «ведьмин глаз» — по легенде, он растёт только в местах, где...
В мире, скрытом от глаз людей, живут крошечные существа — заимствующие. Они осторожно забирают у гигантов то масло, то булавку, то клочок ткани, чтобы выжить. Семья Ариэтти, последних обитателей старого дома под полом, ведёт размеренную жизнь, строго соблюдая главное правило: никогда не быть увиденными.