«Скайлайн 3» продолжает историю масштабного противостояния людей и пришельцев, разворачивающуюся в мире, где после первой волны вторжения на Земле остались не только разрушенные города, но и неожиданные союзы между представителями разных видов. Через 15 лет после событий предыдущих частей хрупкое перемирие между выжившими людьми и дружественными инопланетными гибридами оказывается под угрозой...
После долгих лет службы бывший спецназовец Алексей решил навсегда оставить мир оперативных спецзадач, чтобы жить спокӧйной жизнью. Однако планы рушатся, когда он узнаёт о похищении тайской девушки Ли, обладающей редкими и пока не до конца изученными способностями к телепатии и управлению энергией.
Бывшие бойцы элитного отряда, долгие годы выполнявшего самые рискованные задания, думали, что их боевая карьера закончена. Они надеялись на тихую жизнь, далёкую от оружия и спецопераций. Но эта иллюзия рушится в одно мгновение, когда на командира отряда, Ганса, совершается дерзкое нападение. В результате теряет жизнь его жена, а единственная дочь оказывается в руках неведомых похитителей.