Фильм снят по реальной автобиографии морского пехотинца Энтони Суоффорда, который прошел всю службу во время войны в Персидском заливе 1991 года. Режиссер Сэм Мендес отказывается от стандартного пафоса военных картин, предлагая зрителю максимально правдивое, лишенное прикрас изображение службы в зоне боевых действий.
После событий первой части Джейсон Борн оставил оперативную работу, поселился с девушкой Мари в Индии и пытался построить обычную жизнь, забыв о прошлом агента ЦРУ. Он надеялся, что опасность осталась позади, но прошлое не отпускает его так просто. Высшие чины агентства, пытаясь замести следы собственных грязных операций, решают избавиться от бывшего агента, который слишком много знает.