Фильм «Корабль призраков» использует реальную историю трансатлантического лайнера «Королева Мэри», навсегда пришвартованного в Лонг-Бич и превращённого в музей-отель. Именно сюда, в мир туристических экскурсий и семейного отдыха, приезжает маленький Лукас с мамой, увлечённый мрачными легендами о судне. Пока мама отвлекается, ребёнок самостоятельно иссудует закоулки корабля и бесследно исчезает.
Джейн, хозяйка процветающей нью-йоркской пекарни, давно развелась с Джейком и построила размеренную, счастливую жизнь. У неё есть собственный бизнес, взрослые дети и новый, спокойный роман. Она уверена, что прошлое осталось позади. Однако её бывший муж, успешный адвокат, внезапно объявляется с намерением вернуть её, запуская цепь сложных событий.