Фильм «Молчаливый друг» строится вокруг ботанического сада Марбургского университета и его древнего гинкго, который безмолвно наблюдает за сменой эпох через призму человеческих историй. Первая сюжетная линия переносит в 1908 год, когда здесь появляется первая студентка, ломая вековые традиции. Вторая — 1972 год, где застенчивый юноша переживает безнадёжную любовь к однокурснице в атмосфере...
Картина детально reconstructs один из самых тёмных эпизодов послевоенной истории — побег главного «ангела смерти» Освенцима. После крушения Третьего рейха Йозеф Менгеле, чьи псевдонаучные медицинские эксперименты над узниками стали символом нацистской бесчеловечности, удаётся скрыться от правосудия.